第三，深农公司率先创新了农产品交易商业模式，提高了农产品的流通效率。
　　
　　公司探索的以电子结算为核心的现代农批市场信息化交易模式，让网络内各批发市场真正连锁起来。陈少群表示：“将单纯的收商铺租金，变为有更深层次内涵的客户服务、第三方服务、增值服务、营销服务。”通过建立批发市场信息数据库和集团协同管理信息平台，批发市场的有效信息集中，各批发市场间的横向联系强化，形成了以信息流带动物流、商流的协同管控模式。
　　
　　2006年初，上海市场部分品种实施了电子交易模式，到2008年底已超过10家市场探索应用，而多年来交易量和交易额雄踞国内榜首的布吉农产品中心批发市场，也从玉米等品种开始探索电子结算的新模式。
　　
　　大宗农产品电子商务大平台的作用更为明显，农产品在网上成交后实现异地交割，摆脱了大宗农产品交易的时空限制，更加有效地实现产地市场与销地市场、国内市场与国外市场的对接，成为国内外农产品流通的纽带。网络内的广西糖网、云南鲲鹏名列国内食糖市场前三甲，“柳糖价”成为我国食糖价格指数。除食糖外，还拓展了茧丝、棉花等大宗农产品的电子商务市场。
　　
　　经营模式的转变使得网络内各大市场焕然一新，近六年来，其农产品销售量以年均20％的幅度递增，领跑国内农批市场的行业。
　　
　　全国性网络的形成和交易模式的创新，大大提高了农产品的流通效率。目前，沈阳、北京、山东、合肥、南昌、深圳等地市场已连接形成南菜北运及北果南运的物流通道，而东西线银川、成都、西安、合肥、上海等市场也打通了西菜东输的通道。每天，网络内熙熙攘攘的各大批发市场，进场交易人数达20万人，车辆达4万辆，为4万户批发商、超过5000万农民创造了财富大平台，解决了10多万城市人口的就业。2009年，深圳市农产品股份有限公司下属批发市场农副产品年度总交易量超过2225万吨，年度总交易额超过911亿元，约占全国规模以上批发市场交易总额的近10%。