门槛3 物流配送尚待完善
　　
　　业内人士指出，超市在掌握了对农产品上游环节的控制后，如何保证新鲜的农产品快速运输到超市、降低损耗，这就考验整条供应链的物流配送水平。“农超对接发展至今，落后的物流设施设备与长距离配送需求的矛盾依然存在。如何从‘菜园子’到‘菜篮子’对接上才是关键，但目前这条路似乎走得不太好。”王先庆表示，目前来看，把农产品的配送运输落在合作社身上不现实，农民本来就缺钱缺技术。有合作社反映，由于农产品时间要求不得不采用快递，而货款减掉快递费后却赔钱。
　　
　　在这方面，沃尔玛做得较为出色，采用中央集中配送的模式，在全国有若干个配送中心专门负责。日前沃尔玛还公开表示，将要求其供应商放弃部分运输控制权，全部集中以节约成本。王先庆表示，国家应该学习日本、美国出钱组建农产品配送中心，助农民解决运输问题，不应该交由外资超市去操作，外资一旦垄断了农产品供应链，拥有产品定价话语权后，影响将“非常可怕”。
　　
　　门槛4 结账周期长影响对接积极性
　　
　　超市与供应商货款结算一般采用银行结算支付方式，而这往往难以被习惯现金交易的农民或合作社接受。李嘉表示，农超对接中合作社的货款账期会比普通供应商快一倍以上，一般是15~30天，而像蔬菜、水果这种生鲜品，超市是直接现金收购的。据了解，目前有一些超市已开始给合作社支付一定比例的预付款，但普遍来讲，超市的结款方式依然让资金紧张的合作社头疼。
　　
　　另外，税收问题阻碍了“农超对接”的发展。胡定寰表示，超市接受农产品，一般需要征开农产品增值税进项税，但农民往往无法提供相关发票，又得经由第三方代为开取，这不仅导致了流程的繁琐性，也会在一定程度上限制超市和农产品销售者的直接对接。目前超市纷纷寻求对策缓解“税收困局”，对接都是“农户+公司”模式，合作社公司可开出发票，国家对其有免税政策支持。