增值税发票成拦路虎
　　
　　农业合作社直接提供给超市的产品如何保证质量？这恐怕是消费者最为关心的问题。其实，实施“农超对接”，减少农产品的流通环节本身就为质量追溯提供了条件，有利于实现农产品质量从农田到餐桌的全过程控制，提高农产品质量安全水平。与批发市场上的农产品相比，农民合作社直供的产品来源更明确。超市也将在政府资金的支持下建立完善的质量检测系统，不符合标准不收货。在“农超对接”模式下，质量安全不仅仅是合作社的事，超市为了保证货品安全和货源稳定会积极参与安全生产过程，与合作社合作共同采取措施保证产品质量安全。
　　
　　农民合作社开不了增值税发票怎么办？超市收购农产品须由合作社开增值税发票，才能抵扣13%的增值税。根据合作社法的规定，合作社是可以开具此发票的。但记者在采访中了解到，部分地方的税务部门拒绝为合作社开具发票，这就为“农超对接”设置了障碍。商务部市场体系建设司相关负责人向记者表示，这种现象是各地对合作社法的认识和执行力度不同造成的，各地方政府的相关部门需要提高认识，同时合作社和超市也要与这些部门积极协调解决好这个技术性问题。
　　
　　农民合作社与超市进行合作，如何确保农民利益，实现农民增收？记者在采访中了解到，超市给合作社订单的价格基本上都高于批发市场的价格，一般情况下价格比较稳定，丰年和欠年差别不会太大。合作社方面则有喜也有忧，一方面通过合作社与超市签订合作协议比农户以散户的形式在市场上贩卖更有利于维护农民的利益。但另一方面，由于我国合作社法出台时间不长，相关配套法规执行还缺乏经验，因此会出现某些经销农产品的企业摇身一变佯装合作社取得优惠政策的现象，这难免对农民利益造成损害。
　　
　　建立物流配送中心和冷链系统需要高投入，超市的销售网络和不同地区的消费能力足以支持这些成本的投入吗？商务部等三部委在15省市开展“农超对接”试点工作的通知中规定，承办“农超对接”项目的企业注册资本东部地区1000万元以上，中西部及东北地区500万元以上；年销售额在本省位居前列，2008年度鲜活农产品年销售额东部地区6000万元以上（中部及东北地区4000万元以上，西部地区2000万元以上）或鲜活农产品销售额占企业总销售额的比例不低于30%（中西部及东北地区不低于20%）；超市生鲜业务自营，已建有鲜活农产品直采基地，并与对接的农产品专业合作社具有良好的合作关系。这表明，为确保项目质量，政府对承办项目的企业实力提出了明确要求。但考虑到各地的经济实力和消费能力的不同，承办项目的条件和规模肯定也有差别。地方政府在申报和审批项目时如何做到资源最合理有效的配置，如实上报企业真实情况，政府在验收过程中如何防止资源浪费和地方保护主义都是值得关注的问题。